Der Bundesverband wie auch die Landesverbände sind jeweils eigenständige Vereine, während die Regional- und Ortsgruppen rein rechtlich Bestandteile ihres Landesverbands sind. Ein Mitglied des BUND ist somit immer sowohl Mitglied im Bundesverband als auch im entsprechenden Landesverband. Neben den „Vollmitgliedern“ kennt der BUND die „Fördermitglieder“, die regelmäßig spenden, aber nicht an der Verbandsdemokratie teilnehmen.
Der Verband ist intern von unten nach oben organisiert, d. h. die Mitglieder einer Verbandsebene wählen jeweils aus ihrer Mitte die Amtsträger und die Vertreter (Delegierten) für die nächsthöhere Ebene; Mitglieder- und Delegiertenversammlungen sind öffentlich. Den Landesvorständen und dem Bundesvorstand gehören neben den direkt gewählten Mitgliedern außerdem auch je ein Vertreter der BUNDjugend, der Facharbeitskreise („wissenschaftlicher Rat“) sowie der Regional-/Landesverbände („Landesrat“/„Verbandsrat“) an. Auf Bundesebene koordinieren sich der Vorstand, der wissenschaftliche Beirat und der Verbandsrat im Gesamtrat.
Selbstständig innerhalb des BUND agiert die BUNDjugend mit ihren Untergliederungen in den Bundesländern (in Bayern die „Jugendorganisation Bund Naturschutz“) und den einzelnen Jugendgruppen.
Strukturell wird der BUND von der Bundesgeschäftsstelle in Berlin und den Landesgeschäftsstellen verwaltet. Von hier aus sorgen Kommunikationsprofis, Marketingfachfrauen, Finanzexperten, Fachmänner - und frauen aller Art und Verwaltungsspezialistinnen für ökologische Impulse in Politik, Wirtschaft und Gesellschaft.
